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Le monastère d’Agarathou, un des plus anciens monastères de Crète (fondé à la 2e période byzantine), est consacré à la Vierge. Dès la seconde moitié du 16e siècle, l’on réalise des travaux de fortification qui lui donne une forme nouvelle. Sous l’occupation vénitienne, il était le lieu d’éducation et de formation d’éminents hommes du clergé. Sous l’occupation ottomane, rien ne rappelait plus l’ancien foyer d’éducation et de culture. En 1821, les ottomans ont massacré les moines et incendié les bâtiments.

L’église fut reconstruite en 1894 et, une fois l’occupation ottomane achevée, le monastère regagna son ancien prestige. Notre attention sera attirée par les parties conservées de l’ancien monastère, l’église aux peintures murales modernes qui représentent des saints Crétois, ainsi que le célèbre « rogdia (grenadier) d’Agarathou ». Selon la tradition, sous l’arbre, l’on découvrit l’icône de la Vierge en l’honneur de laquelle le monastère fut créé. C’est pourquoi l’arbre est considéré sacré. Il s’agit d’un vestige du culte des arbres sacrés qui existait en Crète préchrétienne et que l’on retrouve également dans d’autres monastères et lieux du culte, sur l’île.