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La métropole inclut les provinces homonymes de la préfecture de La Canée et son siège se trouve à Kissamos. Kissamos était déjà une évêché à l’ère paléochrétienne. L’ancienneté de l’évêché est connue du fait de la présence de l’évêque Eukissos au synode de Sarde, en 343. Une bulle en plomb est conservée au musée de Réthymnon, datant de la fin du 6e ou du début du 7e siècle et témoigne de l’existence de l’évêché.

Concernant l’évêché de Sélinos nous ne disposons pas de beaucoup d’informations. Bien que diverses sources citent les évêchés de Lissos et de l’île Gavgi, dans la région élargie, elles cessèrent de fonctionner sous l’occupation arabe. En 1645, l’évêché de Kissamos, siégeant à Episkopi, entra à nouveau en fonction. Sous l’occupation vénitienne, nombreux étaient les monastères de la région qui s’efforcèrent et arrivèrent à maintenir le christianisme dans la région.

Le monastère le plus connu était celui de Chrysoskalitissa (‘marches d’or’) qui devint un centre des lettres et de l’enseignement. Sous l’occupation ottomane, Episkopi demeura inactive entre 1831 et 1860, année à laquelle elle fusionna avec l’évêché de Kydonia. Comme tous les évêchés orthodoxes, celles de Kissamos et Sélinos résista aux ottomans. Qui plus est, l’évêque Melhisedek et le diacre Kallinikos, furent pendus.

En 1962, elle fut promue au rang de métropole. Le Métropolite actuel est M. Amfilochios, depuis 2005, et compte 80 paroisse, 8 monastères et 64 membres du clergé.