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Le siège de la Métropole se trouve à La Canée. Elle inclut les provinces de Kydonia et d’Apokoronou, de la préfecture de La Canée. Kydonia était une des villes les plus anciennes et les plus importantes de Crète. Son évêché, tout comme la majorité des évêchés de Crète, fut créé par saint Tite. Il fut fondé avant 381. En effet, l’évêque Kydonios a participé au 2e synode œcuménique.

Les invasions arabes ont détruit la majorité des métropoles de l’île, dont celle de Kydonia. Sous l’occupation vénitienne, l’église orthodoxe connaît un déclin.

Sous l’occupation ottomane, l’unique église orthodoxe de Saints-Anargyroi sert de catholicon à l’évêché. Au 19e siècle, un nouveau catholicon est édifié, consacré à la Présentation de la Vierge.
L’évêché fut promu au rang de Métropole sur décision du Patriarcat œcuménique, en 1962. Le métropolite actuel est M. Damaskinos. Elle inclut 106 paroisses, 123 membres du clergé et 6 monastères.