Ιερά Μητρόπολη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου
Οι πρώην επαρχίες Ρεθύμνου και Μυλοποτάμου, αποτελούν την Ιερά Μητρόπολη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου. Οι πρώτες Επισκοπές της περιφέρειας κάνουν την εμφάνιση τους ήδη από τον 5ο αι. μ.Χ. Πρακτικά της Γ’ και της Δ’ Οικουμενικής Συνόδου αναφέρουν τις Επισκοπές Λάμπης και Ελευθερνών. Άλλη μία Επισκοπή που βρισκόταν σε αρχαία πόλη ήταν η Επισκοπή Αξιού και αποτελεί και αυτή κομμάτι της Μητροπόλεως.
Ακόμα επιτάφιες επιγραφές της περιόδου που βρέθηκαν στα γύρω χωριά και έχουν μεταφερθεί στο μουσείο του Ρεθύμνου μαρτυρούν την ύπαρξη των Επισκοπών.
Κατά την περίοδο της Αραβοκρατίας όπως και οι περισσότερες Μητροπόλεις έτσι και η Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου καταστράφηκε από τις επιδρομές. Μετά από την Αραβοκρατία υπήρχαν τρεις Επισκοπές. Η Καλαμώνος, του Αγριού και του Αυλοποτάμου που όμως στα χρόνια της Ενετοκρατίας δίνονται στην Καθολική εκκλησία εκτός της Αγριού. Το 1838 οι Επισκοπές ενοποιήθηκαν με έδρα την πόλη του Ρεθύμνου.
Το 1962 η Επισκοπή Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου σύμφωνα με απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου προάχθηκε σε Μητρόπολη. Σήμερα Μητροπολίτης της είναι ο κ. Ευγένιος.
Η Μητρόπολη περιλαμβάνει 101 ενορίες, 12 Μοναστήρια και 114 κληρικούς.
