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Les anciennes provinces de Réthymnon et Mylopotamos composent la Métropole de Rethymnon et Avlopotamos. Les premiers évêchés de la région apparaissent dès le 5e siècle. Les procès-verbaux du 3e et 4e Synode œcuménique citent les évêchés de Lampi et Eleftherna. Un autre évêché se trouvant dans une ancienne ville était celui d’Axios qui fait, lui aussi, partie de la Métropole.

Des inscriptions funéraires de cette période, trouvées dans les villages des alentours et transférées au musée de Réthymnon témoignent de l’existence des évêchés.
Sous l’occupation arabe, la Métropole de Réthymnon et Avlopotamos fut détruite, tout comme le furent la majorité des métropoles. À l’issue de l’occupation arabe il existait trois évêchés. Ceux de Kalamon, d’Agrio et d’Avlopotamos qui, toutefois, sous l’occupation vénitienne, sont donnés à l’Église catholique, à l’exception de celui d’Agrio. En 1838, les évêchés sont unis et ont pour siège la ville de Réthymnon.

En 1962, l’évêché de Réthymnon et Avlopotamos est promu au rang de Métropole, sur décision du Patriarcat œcuménique. Le Métropolite actuel est M. Evgenios.

La Métropole inclut 101 paroisses, 12 monastères et 118 membres du clergé.