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Der Überlieferung zufolge stammt der Name des Klosters aus einer Ikone der Gottesmutter, die unter einem Thymian gefunden worden war und Heiliger Ort für die Einwohner von Sfakia war.

Das Katholikon des Klosters ist eine zweischiffige Kirche, die der Mariä Geburt und der Dreifaltigkeit geweiht ist mit Wandmalereien aus der Zeit der venezianischen Herrschaft. Viele meinen das Kloster sei die „Heilige Lavra Kretas“, da hier die kretische Revolution im Jahr 1821 angekündigt wurde. Aus diesem Grund wird jedes Jahr, am letzten Sonntag von Mai, im Kloster Gottesmutter Thymiani (Panagia Thymiani) ein Gottesdienst gefeiert und eine Ehrenveranstaltung organisiert.